反滲透純凈水設備的消毒可分為物理消毒和化學消毒。紫外線消毒可能只有局部效果，消毒過濾器可能只有暫時效果。在純凈水設備中，無論是巴氏殺菌、過熱水殺菌還是純蒸汽殺菌，都被認為是較為常規的物理消毒。臭氧、過氧化氫和次氯酸鹽是常用的化學消毒劑。

　　巴氏殺菌。在反滲透純凈水設備中，巴氏殺菌的主要功能是：a、用于純凈水設備的預處理單元，如活性炭。b、Ro/EDI裝置和儲存和配電網絡裝置的定期消毒。巴氏殺菌又稱低溫消毒，是一種能殺滅各種致病菌的熱處理方法。其主要對象是病原微生物和其他生長細菌。

　　巴氏殺菌的工作原理是利用病原菌不耐其高溫的事實，用適當的溫度和保溫時間對其進行處理，將其全殺滅。但巴氏殺菌后，仍保存有少量耐熱細菌或細菌孢子。因此，巴氏殺菌不是無菌過程。

　　紫外線消毒。在純凈水設備中，紫外線消毒裝置主要安裝在Ro/EDI循環管道和純凈水設備的儲配管道中，以防止系統中微生物指標的快速增長。紫外線輻射是一種較好的消毒方法。紫外線消毒的原理很復雜。一般認為它與核酸有關，核酸在新陳代謝、遺傳、變異等方面起著決定性的作用。

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